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7th place solution, segmentation for detection tasks

513. RSNA 2022 Cervical Spine Fracture Detection | rsna-2022-cervical-spine-fracture-detection

开始: 2022-07-28 结束: 2022-10-27 医学影像分析 数据算法赛
第7名解决方案:用于检测任务的分割方法

第7名解决方案:用于检测任务的分割方法

作者: LSL000UD | 比赛排名: 第7名

感谢主办方举办这场有趣的比赛,并祝贺所有为开发解决方案而努力工作的人们。

摘要

在我们的解决方案中,利用3D分割方法来完成骨折检测任务。由于主办方没有提供骨折区域的分割标签,我们使用数据增强和边界框真值(GT)来生成伪分割掩码。我们的最终框架包含3个阶段:

  • 阶段1: 使用3D-UNet分割C1-C7椎体
  • 阶段2: 使用3D-UNet分割骨折区域
  • 阶段3: 利用阶段1和阶段2的输出预测最终分数
流程概览

阶段1:使用3D-UNet分割C1-C7椎体

  • 数据:
    • 比赛数据:87例
    • TotalSegmentator (CC-BY-4.0):160例 (链接)
    • Verse2020(CC-BY-SA-4.0):42例 (链接)

    外部数据可能不是必须的。与骨折检测相比,分割C1-C7是一项相对容易的任务,仅使用比赛数据也能获得准确的结果。

  • 模型: 3D-UNet (32, 64, 128, 256, 320, 320)
  • 损失函数: DICE + BCE
  • 输入尺寸: (160, 128, 128)
  • 图像分辨率: (1.5, 1.5, 1.5)mm
  • Batch size: 2
  • 训练迭代次数: 250k,在3090显卡上约需2天
  • 后处理: 保留C1-C7的最大连通分量

阶段2:使用3D-UNet分割骨折区域

共有2019张CT图像和2019个患者级别的真值(GT),但仅提供了235名患者的骨折边界框,因此我们使用伪标签技术来生成骨折分割掩码。

  • 步骤1:初始伪骨折分割掩码生成 伪掩码生成
    • Type1: 使用数据增强生成
    • Type2: 使用235个边界框标签生成(移除骨骼外的边界框)
  • 步骤2:使用235个初始伪骨折分割掩码训练模型
    • 模型: 3D-UNet (32, 64, 128, 256, 320, 320)
    • 损失函数: DICE + BCE
    • 输入尺寸: (96, 192, 192)
    • 图像分辨率: (0.8, 0.4, 0.4)mm
    • Batch size: 2
    • 训练迭代次数: 250k,在3090显卡上约需2天
  • 步骤3:伪掩码优化(最终我们获得了823例伪掩码) 伪掩码优化

    虽然有2019个患者级别的GT,

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