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27th Simple Solution

508. HuBMAP + HPA - Hacking the Human Body | hubmap-organ-segmentation

开始: 2022-06-22 结束: 2022-09-22 医学影像分析 数据算法赛
第27名 简单方案

第27名 简单方案

作者:SAVE, JCW2023, Min Y, Fred-haha
比赛排名:第27名

首先,感谢主办方举办这次比赛。我们也感谢 @hengck23 的讨论和笔记本分享。

模型

  • Coat_small+daformer,尺寸=768,折数=5,swa
  • Coat_small+daformer,尺寸=768,折数=5,外部数据,swa
  • Coat_lite_medium+daformer,尺寸=768,折数=5,swa
  • Coat_lite_medium+daformer,尺寸=768,全部数据,swa
  • Coat_small(level5)+daformer_conv1*1,尺寸=1152,折数=5,swa
  • pvt_v2_b4+daformer_conv3x3,尺寸=768,折数=5,swa
  • pvt_v2_b4+daformer_conv3x3,尺寸=768,全部数据,swa
  • pvt_v2_b4+smp_unet,尺寸=768,折数=5,swa
  • pvt_v2_b4+smp_unet,尺寸=768,全部数据,swa

数据增强

随机翻转、旋转、噪声、色调饱和度亮度、仿射变换等。

数据处理

我们选择了三种训练数据处理方法:

  • 将原始数据划分为训练数据和验证数据进行训练。
  • 使用全部数据进行训练。
  • 对外部数据进行标注,然后加入原始数据中进行训练。

推理

集成

  • Coat_small+daformer:fold0, fold3
  • Coat_lite_medium+daformer:fold2, fold3, fold4, all_data
  • Coat_small(level5)+daformer_conv1*1:fold0_1152
  • pvt_v2_b4+daformer_conv3x3:fold1, fold2, fold3, fold4, all_data, fold3_384, fold2_384, fold3_1024
  • pvt_v2_b4+smp_unet:fold0, fold2, all_data

TTA (测试时增强)

翻转,旋转

器官阈值

器官 阈值
肾脏 0.35
前列腺 0.25
大肠 0.3
脾脏 0.3
0.1

有效方法

SWA(随机权重平均),TTA(测试时增强),调整阈值,模型融合,多输入尺寸融合,数据增强(随机翻转、旋转、噪声、色调饱和度亮度、仿射变换)。

无效方法

数据增强 - rgbtogbr 和 cutout,外部数据和染色归一化。

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