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48th place solution

508. HuBMAP + HPA - Hacking the Human Body | hubmap-organ-segmentation

开始: 2022-06-22 结束: 2022-09-22 医学影像分析 数据算法赛
第48名解决方案
作者:chris-wang
排名:第48名

感谢主办方举办如此精彩的比赛。
我要向 @hengck23 表达我最诚挚的感谢。通过他在讨论区的评论,我在比赛中从他那里学到了很多观点!

数据增强

  • 因为我对不同的模型应用了不同的集成模型,所以有几种不同的增强方式。

使用的增强方法:

  • 5种简单增强:HSV(色调、饱和度、亮度)、随机翻转、旋转90度、随机噪声、随机对比度。
  • 针对特定器官(脾脏、肺)的染色增强,我也将此增强用于前列腺,但分数从未提高。

针对不同器官的不同增强

  • 对3个器官(前列腺、大肠、肾脏)使用5种简单增强。
  • 对2个器官(脾脏、肺)使用5种简单增强和染色增强。

模型(每个器官使用不同的集成模型)

  • 训练图像尺寸:768 * 768

肾脏、大肠

  • 使用 pvtv2-b4 骨干网络和 conv3x3 解码器,5折交叉验证中的3折(fold1, fold2, fold3),每个权重分别为 0.05, 0.3, 0.65。

前列腺(使用集成模型未能提高公共分数)

  • 使用 pvtv2-b4 骨干网络和 conv3x3 解码器,5折交叉验证中的1折(fold3)。

脾脏

  • 使用 pvtv2-b4 骨干网络和 conv3x3 解码器,5折中的3折(fold1, fold2, fold3)+ 仅针对脾脏训练的4折中的1折(fold3),并取所有模型预测的平均值。

  • pvtv2-b4 骨干网络 + conv3x3 解码器,5折中的1折(fold2, fold3)+
  • pvtv2-b4 骨干网络 + DAformer 解码器,仅针对肺部的5折中的2折(fold2, fold3)+
  • pvtv2-b4 骨干网络 + conv3x3 解码器,仅针对肺部的5折中的1折,所有训练图像均进行了染色归一化(fold3)
  • 权重:fold3 的 pvtv2-b4 骨干网络 + conv3x3 解码器权重为 0.28,其他为 0.18。

验证

  • 使用 25% 的训练数据验证单一器官模型。
  • 使用 20% 的训练数据验证所有器官训练模型。

阈值

各器官阈值设置如下:

organ_threshold = {

    'Hubmap': {
        'kidney'        : 0.45, 
        'prostate'      : 0.40,                    
        'largeintestine': 0.30,                  
        'spleen'        : 0.30,                      
        'lung'          : 0.07,                         
    },

    'HPA': {
        'kidney'        : 0.50,
        'prostate'      : 0.50,
        'largeintestine': 0.50,
        'spleen'        : 0.50,
        'lung'          : 0.10,
    },
}

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