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11th place solution

499. UW-Madison GI Tract Image Segmentation | uw-madison-gi-tract-image-segmentation

开始: 2022-04-14 结束: 2022-07-14 医学影像分析 数据算法赛
第11名解决方案

第11名解决方案

作者:NguyenThanhNhan (Grandmaster) | 比赛排名:第11名

恭喜所有的获奖者和金牌得主,非常期待阅读你们的解决方案。
同时,感谢我的队友 @hoanganhpham@tuanho27 的贡献。

我们最终的提交由7个在完整数据上训练的2.5D模型组成,它们具有不同的输入、训练计划以及编码器+解码器的组合 (代码链接)。

我们得分最高的内核 (代码链接) 仅仅是将2个2.5D模型替换为了2个3D模型,但我们当时没有胆量选择那个方案 😄。

我在这里列出了一些单模型的统计数据。

编码器 解码器 切片数 步长 尺寸 类型 轮次 Public分数 Private分数
convnext_xlarge deeplabv3+ 17 2 608x608 2.5d 30 0.88 0.868
v2l unet++ 9 3 608x608 2.5d 30 0.88 0.868
convnext_xlarge unet++ 9 2 608x608 2.5d 30 0.882 0.867
convnext_base unet 5 1 512x512 2.5d 30 0.879 0.866
convnext_base unet 80 1 224x224 3d 2000 0.878 0.866

对我们有效的策略

  • Convnext主干网络:比其他主干网络强大得多。
  • ACS Conv (GitHub链接):这是一个很好的想法,用3个在xy、yz和xz平面上的Conv2d来替代Conv3d,这使我们能够利用预训练的ImageNet主干网络来处理医学分割任务。
  • 按类别进行掩码阈值处理

无效的策略

  • 通过启发式方法移除负样本切片
  • UNet3d, UNetr, Swin UNetr
  • 加权集成
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