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15th place solution

499. UW-Madison GI Tract Image Segmentation | uw-madison-gi-tract-image-segmentation

开始: 2022-04-14 结束: 2022-07-14 医学影像分析 数据算法赛
第15名方案

第15名方案

作者: yu4u, Inoichan | 排名: 第15名

恭喜所有获奖和获得奖牌的选手!
我要感谢我的队友 @inoueu1 提供了强大的掩码预测模型!

Solution Summary

我们的简要方案总结:

  • 核心思路

    • 正如在一些讨论中所知,真实标签在每个体素的底部区域被截断了,而且截断标准尚不明确。因此,我们尝试使用标签截断预测模型来预测截断区域(深度),并在后处理中移除底部的预测掩码。
    • 在模型训练中,我们移除了真实标签看起来被截断的切片(不给模型提供负信号)。通过这样做,掩码预测模型不必“隐式”地预测标签截断,并且可以尽可能多地预测掩码。
  • 预处理

    • 裁剪低强度区域以加速预测
  • 2.5D 模型

    • UNet 或 UNetPlusPlus + EfficientNet 主干网络
  • 3D 模型

    • 3D UNet (MONAI)
  • 标签截断预测模型

    • 3D UNet (MONAI) + 空间池化 -> (d,)
  • 后处理

    • 利用标签截断预测移除体素底部区域的预测掩码
    • 移除顶部和底部的两个像素
  • 关于测试数据集的一些探测结果

    • 切片数量为 144 和 80,与训练数据集相同
    • 像素间距为 1.5 和 1.63,与训练数据集相同
    • 图像尺寸为 ('266', '266'), ('276', '276'), ('360', '310'),尺寸 ('234', '234') 存在于训练集中但不在测试集中
    • 53%-55% 的数据来自训练数据集中的同一病例
    • 上述已知病例数据中最多有 64% 包含在公开测试集中(因此,公开 LB 往往反映了已知病例的结果)
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