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22th place solution

499. UW-Madison GI Tract Image Segmentation | uw-madison-gi-tract-image-segmentation

开始: 2022-04-14 结束: 2022-07-14 医学影像分析 数据算法赛
第22名方案

第22名方案

作者:SiNpcw, anonamename, hirune924
比赛排名:第22名

感谢大家的辛勤付出。同时祝贺所有金牌得主。

总结我们的方案,这是一个 3D UNet + 2.5D UNet/FPN/UPerNet 的集成模型。

预处理

训练过程中使用了归一化处理,即除以5通道最大值,同时也除以 case_day(病例_天数)最大值。

模型

2.5D 模型 (作者: hirune924)

  • FPN 主干网络:efficientnet-b2
  • 输入尺寸:512x512, 3通道
  • 损失函数:bce+dice
  • 数据增强:imgaug-tf

2.5D 模型 (作者: SiNpcw)

  • FPN 主干网络:efficientnet-b6
  • 输入尺寸:512x512, 5通道
  • 损失函数:bce
  • 数据增强:imgaug-tf

2.5D 模型 (作者: SiNpcw)

  • UNet 主干网络:efficientnet-b5
  • 输入尺寸:512x512, 5通道
  • 损失函数:bce
  • 数据增强:imgaug-tf

2.5D 模型 (作者: anonamename)

  • UPerNet (semantic-segmentation) 主干网络:convnext_large_384_in22ft1k (来自 timm)
  • 输入尺寸:320x384, 5通道(填充以保持长宽比)
  • 损失函数:dice+tversky
  • 数据增强:Hflip, ShiftScaleRotate, GridDistortion, RandomBrightnessContrast, RandomGamma, GaussNoise, CoarseDropout

3D 模型 (作者: hirune924)

  • 3D UNet 主干网络:resnet34
  • 输入尺寸:384x384xD
  • 训练补丁:192x192x64
  • 损失函数:bce+dice
  • 数据增强:volumentations

后处理

没有进行特殊的处理,只是降低了阈值。我们发现胃部的阈值敏感度不高,但小肠很敏感。我们认为这是因为训练集和测试集(公开榜)的 GT mask(真实掩码)审查机制不同造成的。

补充信息

我们参加这次比赛的目标是提升 TensorFlow 和 TPU 的技能。当我们开始使用 TensorFlow 时,我发现没有能在 TPU 上运行的数据增强库。因此 @hirune924 创建了一个能在 TPU 上运行的 TensorFlow 数据增强库,即 imgaugtf。我们认为它很容易上手,因为可以像 albumentations 包一样使用。

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