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28th place solution

499. UW-Madison GI Tract Image Segmentation | uw-madison-gi-tract-image-segmentation

开始: 2022-04-14 结束: 2022-07-14 医学影像分析 数据算法赛
第28名解决方案

第28名解决方案

作者:tekap404 | 比赛排名:第28名

首先,感谢所有组织者举办这次比赛。同时祝贺所有获奖者和奖牌获得者!

以下是我的简要解决方案总结:

框架

3D UNet (MONAI)。感谢 Wang 的讨论分享:Kaggle Discussion Link

训练技巧

所有模型均在完整数据集上训练。每个模型首先使用较大的学习率训练超过 1000 个 epoch,然后微调超过 100 个 epoch。损失函数:BCE + Dice。

防止过拟合的措施

基础数据增强设置与 Wang 的设置相同。DynUNet (MONAI) 中的默认 dropout 即使参数设置为 >0 也不会生效,因此我使用强数据增强来替代它(强增强 = 基础增强 + 以下增强)。

  • RandAdjustContrastd(随机对比度调整)
  • RandBiasFieldd(随机偏置场)
  • RandGaussianNoised(随机高斯噪声)

详细配置

模型 编码器 / 通道数 输入尺寸 数据增强 监督数量 Public 分数 Private 分数
DynUNet 48,96,192,384,480,480 160 * 160 * 80 强增强 4 0.878 0.865
Unet_large 64,128,256,512,1024 224 * 224 * 80 基础增强 (dropout=0.2) 0 0.879 0.868
MSNet res2net50_v1b_26w_4s 192 * 192 * 80 强增强 0 0.877 0.870
DynUNet 32,64,128,256,320,320 192 * 192 * 80 强增强 4 0.880 0.871
集成模型 / / / / 0.882 0.876

集成权重:0.1, 0.2, 0.35, 0.35

MSNet:多尺度减法网络:GitHub 仓库

后处理

scipy.ndimage.binary_fill_holes(二值孔洞填充)

未起作用的方法

  • 更大的模型,例如 res50unet, utnetv2 (CNN 结合 transformer 技术), nnFormer 等。这些模型如果有预训练权重可能会表现更好。
  • RF-Net:一种学习每层残差的模型:GitHub 仓库
  • 3D CapsulesNet:GitHub 仓库
  • 各向异性编码器:GitHub 仓库
  • BPR:修改为 3D 的边界细化方法:GitHub 仓库
  • 移除小的连通分量作为后处理。即使我单独对每个通道使用,结果总是比不使用时更差
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