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31st solution (could be in gold)

499. UW-Madison GI Tract Image Segmentation | uw-madison-gi-tract-image-segmentation

开始: 2022-04-14 结束: 2022-07-14 医学影像分析 数据算法赛
第31名方案(本可获得金牌)

第31名方案(本可获得金牌)

作者:Behnam Molaee, Raabid Hussain
比赛:UW-Madison GI Tract Image Segmentation

感谢 Kaggle 和威斯康星大学举办了如此精彩的比赛。尽管我仍然认为他们应该更严肃地处理这场讨论:相关讨论链接

祝贺所有获奖、获得奖牌或在此比赛中学到新知识的参赛者。

我们从公开的 Notebook 中学到了很多。

以下是我们方法的总结(感谢 @raabidhussain,你是一位非常棒的队友):

  1. 构建 UNET 2.5D 模型:使用 -2 到 +2 的切片(感谢 @awsaf49),并使用所有数据进行训练。在训练和推理过程中均使用了水平翻转。
  2. 构建 UNET 3D 模型:使用 MONAI 框架(感谢 @yiheng)在 5 个不同的折上进行训练。训练期间(5000 个 epochs)使用了水平和垂直翻转,但在推理时未使用翻转。这是我们的失误(我们过于依赖 Public LB 分数,因此在 3D 解决方案中没有使用任何翻转,否则我们就能拿到金牌,Private Score 也能从 0.876 提升到 0.879)。
  3. 模型集成:将两个模型的输出进行集成(各占一半权重)。
  4. 一些临时的后处理:最重要的一点是:确定腹部底部未检测到器官的切片编号。检查切片 -1、-2 和 -3 中标注体素的总数。如果某一切片中的标注体素数量低于阈值(650),我们就移除该切片中的所有标注(以改善 Hausdorff 距离)。

对我们无效的方法

UNETR 对我们不起作用。除了 Kaggle 提供的 GPU 外,我们没有额外的 GPU 资源,因此无法对该网络进行深入研究。我们训练该模型 600 个 epochs,但 Dice 分数仍约为 0.61,Hausdorff 距离约为 0.91。所以我们只好放弃了。

如果您有关于此话题的经验,欢迎分享。

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