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23rd Place write-up

402. OpenVaccine: COVID-19 mRNA Vaccine Degradation Prediction | stanford-covid-vaccine

开始: 2020-09-11 结束: 2020-10-06 药物研发 数据算法赛
第23名方案分享

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作者:Patrick Yam
比赛排名:第23名

模型架构

Transformer + CNN + RNN

Transformer 模块:

Model Diagram

其中的 bpps attention 灵感来源于 @cpmpml 的图 Transformer (相关链接)。

我在堆叠的 Transformer 模块前后都添加了单层双向 LSTM,并且在第一个 LSTM 层之前添加了位置编码。

模型集成

  • 除了使用一些公开的模型外,还使用了 30 多个具有不同超参数(如层数、卷积核大小、样本权重、损失函数等)的模型。
  • 使用了堆叠法,采用 Ridge 回归结合反向消除。

抖动分析

我的模型似乎在泛化到更长序列时表现不佳,位置 68-91 的预测结果看起来与位置 0-67 有明显差异,我猜这是导致我排名抖动的主要原因。

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