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1st Place Solution: Team Oxygen

575. RSNA 2023 Abdominal Trauma Detection | rsna-2023-abdominal-trauma-detection

开始: 2023-07-26 结束: 2023-10-15 医学影像分析 数据算法赛
第一名方案:Team Oxygen

第一名方案:Team Oxygen

作者: Nischay Dhankhar (Team Oxygen)
团队成员: @haqishen, @harshitsheoran
比赛: RSNA 2023 Abdominal Trauma Detection

首先,感谢 RSNA 主办了又一场有趣的比赛,也感谢我的队友 @haqishen@harshitsheoran —— Team Oxygen 成立!? :)) 能够在公共排行榜上占据榜首近一个月真是太棒了。我正在分享我们方案的快速概览,我们很快会发布完整的解决方案。与 @theoviel 争夺第一名的过程真的非常有趣。

编辑:完整方案已发布。

数据划分: 4 折 GroupKFold(患者级别)

我们的方案分为三个部分:

  • 第一部分: 用于生成掩码/裁剪的 3D 分割 [阶段 1]
  • 第二部分: 基于 2D CNN + RNN 的方法,用于肾脏、肝脏、脾脏和肠道 [阶段 2]
  • 第三部分: 基于 2D CNN + RNN 的方法,用于肠道 + 外渗 [阶段 2]
Solution Pipeline

数据预处理:

这是我们方案的关键部分,稍后我们将更深入地描述。注意: 所有模型均在 384 x 384 的图像尺寸上训练。我们使用了来自 @TheoVeol 的数据集预处理以及我们自己的数据,我们对 DICOM 进行了缩放并应用了软组织窗宽窗位处理。

我们获取一个患者/研究,在其上运行 3D 分割模型,它输出每个切片的掩码,我们在这里根据器官(肝脏、脾脏、肾脏和肝脏)的边界进行研究级别的裁剪。

接下来,我们从患者制作体积,每个体积从研究中提取等距的 96 个切片,然后以 2.5D 方式将其重塑为 (32, 3, image_size, image_size) 用于训练基于 CNN 的模型。

3 个通道是通过使用相邻切片形成的。

我们所有的模型输入形状为 (2, 32, 3, height, width),输出形状为 (2, 32, n_classes),因为目标也保持为 (2, 32, n_classes) 的形状。

为了制作目标,我们需要两样东西:每个器官的患者级别目标,以及该器官与其最大可见度相比的可见程度。这些数据在基于正像素数量将分割模型掩码归一化到 0-1 之间后可用。

然后我们将目标 * 患者级别目标用于序列的每个中间切片,这就是我们的标签。

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