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2nd place solution

468. Sartorius - Cell Instance Segmentation | sartorius-cell-instance-segmentation

开始: 2021-10-14 结束: 2021-12-30 医学影像分析 数据算法赛
第二名方案

第二名方案

作者: nvnn, sheep
比赛排名: 第 2 名

感谢 Sartorius 和 Kaggle 举办了这场有趣的比赛。我还要感谢 @steamedsheep 在比赛期间出色的团队合作,我们俩都非常努力地工作才取得了这一成果。

我们的解决方案是 2 个目标检测模型、1 个 UNet 和 2 个 MaskRCNN 模型的集成,如下图所示。我负责目标检测和 UNet,而 @sheep 专注于 MaskRCNN 和集成。

模型架构图

我们使用 yolov5x6 和 effdetD3 进行目标检测任务。两个模型的训练过程如下下图所示。模型在 Livecell 和 train-semi-supervised 数据集上进行了多轮训练,然后使用比赛数据进行微调。在推理阶段,使用 WBF(加权框融合)将 2 个模型的输出框与 MaskRCNN 的框进行集成。

训练流程图

WBF 后的输出框被输入到 UNet 和 MaskRCNN(mask head)中,以获取每个框的分割掩码。我们使用加权平均来集成 UNet 和 MaskRCNN 的原始掩码。

我们使用带有 EfficientNet-b5 编码器的 UNet 对裁剪后的细胞进行分割。由于裁剪后的细胞有时包含邻近细胞,我们将中心细胞和邻近细胞的掩码预测作为 2 类分割任务处理。

分割示意图 分割结果示例

从左到右依次为:裁剪的细胞图像;中心掩码的真实值;中心掩码的预测值;邻近细胞的真实值;邻近细胞的预测值。

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