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4th place solution

590. UBC Ovarian Cancer Subtype Classification and Outlier Detection (UBC-OCEAN) | UBC-OCEAN

开始: 2023-10-06 结束: 2024-01-03 医学影像分析 数据算法赛
第4名解决方案

第4名解决方案

作者:Elahi(MASTER)
发布时间:2024-01-05 17:53:01
获得票数:16票

TMA处理

TMA图像进行中心裁剪(例如:从3000px裁剪至2500px),然后调整尺寸至768×768像素。

WSI处理

使用单个分割模型进行标题选择。分割模型在缩略图图像和补充掩码数据上训练。从缩略图提取图块用于生成掩码。在WSI中选择癌变概率最高的像素位置,以其为中心裁剪1536×1536像素区域,再调整尺寸至768×768像素用于分数预测。

模型配置

  • 共使用16个模型,基于Convnext、Hornet、Efficientnetv1和Efficientnetv2架构。使用sigmoid激活替代softmax进行分数预测
  • 模型训练包含5个类别标签+非癌标签(使用补充掩码数据)
  • 损失函数:二元交叉熵
  • 数据增强:染色增强、缩放、旋转、上下翻转、左右翻转、随机对比度、随机亮度及随机色调(作为染色增强的补充)
  • 使用中值平均法生成最终分数
  • 单个分类器配合分割模型在Public/Private排行榜分别获得0.49和0.55的分数
  • 为优化内存使用,模型分布在两块T4 GPU上运行

外部数据

未使用任何外部数据。

异常值处理

预测分数低于0.05的样本可标记为其他类别。另一种方法是将预测分数最低的5%或10%样本标记为其他

问题缩略图处理

问题缩略图示例
5251_thumbnail.png

当多张切片并排显示时(如上图),缩略图高度会减小,导致模型预测准确率下降。针对此类缩略图,通过WSI生成新缩略图——这一优化显著提升了分数。

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