返回列表

30th place solution

590. UBC Ovarian Cancer Subtype Classification and Outlier Detection (UBC-OCEAN) | UBC-OCEAN

开始: 2023-10-06 结束: 2024-01-03 医学影像分析 数据算法赛
第30名解决方案
作者: Adam Narai
排名: 第30名
发布日期: 2024年1月4日

第30名解决方案

这是我第一次参加Kaggle竞赛,整个过程非常有趣。非常感谢主办方和所有参与者。特别感谢@jirkaborovec,他在竞赛初期提供的公开笔记对我启动自己的方法帮助很大。

最佳模型

我采用了一种简单的基于分块的方法,训练了一个ConvNeXt_Tiny模型,将每个分块分类为以下5个类别之一:

  • ConvNeXt_Tiny,预训练
  • 512x512像素的图像尺寸
  • 批量大小:32
  • 随机水平/垂直翻转增强
  • 颜色增强(亮度、对比度、饱和度、色调)
  • 颜色归一化
  • 交叉熵损失
  • AdamW优化器,StepLR(step_size=2,gamma=0.1),学习率=1e-4
  • 1 + 5个训练轮次(第一个轮次中卷积层被冻结)
  • CV5,分层分组KFold

WSI分块

我使用补充掩模训练了一个EfficientNet_B0(预训练)模型,采用与主模型相似的训练参数,用于检测含有肿瘤的分块(5折交叉验证平衡准确率为0.97)。在训练数据中,我选择肿瘤标签大于95%的分块作为肿瘤类别,以及间质+坏死标签大于50%且肿瘤标签小于5%的分块作为无肿瘤类别。

我将每个WSI切分为1024x1024像素的分块(丢弃黑色背景超过60%的分块),并从每张图像中随机选取32个肿瘤分块(基于EfficientNet_B0模型,阈值为0.5)用于训练和推理。在推理过程中,对各分块的预测结果进行了平均。

TMA"分块"

从图像中心切取一个2048x2048像素的分块(以补偿2倍放大)。

其他类别

使用S型激活函数,如果最大激活值小于0.8,则将图像标记为"其他"。

(额外说明:一些意外生成的增强图像,其艺术价值值得商榷。)

同比赛其他方案